La Orden de San Juan de Jerusalén en Cataluña se ubicó en los condados del Rosellón y Cerdaña, también estuvo en Mallorca. En España la orden se disolvió en 1851.
El Monasterio de San Juan de Jerusalén, se hallaba enclavado en la antigua Riera de San Juan, a la que dio nombre. Fue fundado en 1205, con la aquiescencia del rey Pedro II de Aragón, y el beneplácito del obispo de Barcelona Berenguer de Palou I y por los caballeros de la real y militar orden de San Juan de Jerusalén, posteriormente San Juan de Malta a las afueras de la muralla por la parte norte.
En principio fue el Hospital de San Juan de Jerusalén, lo pasaron a ocupar los comendadores de la orden, los cuales tomaron el acuerdo en la asamblea general, fundar el convento de religiosas de Nuestra Señora del Alguaire, cerca de Lérida. Posteriormente el gran maestre dispuso el 9 de abril de 1669, que fueran trasladadas al convento o casa de la Encomienda, de la Riera de San Juan.
La iglesia del monasterio, era una nave, en donde destacaban las pinturas del altar mayor, así como un magnífico panteón de mármol de Venecia, sobre cuyo sepulcro estaba representado de cuerpo con traje de guerra fray José de Villalonga Saportella, gran prior de la Orden en Cataluña enterrado en 1734.
En la iglesia también estuvo sepultado en un lugar secreto, Pau Claris Casademunt, político y eclesiástico, canónigo de la Seo de Urgel y 94º. presidente de la Generalidad de Cataluña que en 1641 proclamó la República Catalana.
Con los acontecimientos que dieron comienzo el 25 de julio de 1835 las monjas se vieron obligadas a abandonar el monasterio, ya que el edificio fue destinado a la Academia de Buenas Letras y Sociedad Económica de amigos del país y a Biblioteca Pública y Museo Provincial de Antigüedades.
En 1859 regresaron las monjas, la Academia de Buenas Letras se trasladó a una sala del Ateneo y la Sociedad de Amigos del País, fue instalada en el segundo piso del palacio de la Diputación
En 1869 las monjas fueron expulsadas definitivamente. Realizándose el traslado de la Biblioteca Provincial, con más de 50,000 volúmenes a la nueva Universidad, procedentes la mayor parte de los conventos derribados con motivo de la desamortización decretada por el gobierno, que quedo finalizada el 18 de febrero se terminó de realizar el traslado, desde el antiguo convento de San Juan de Jerusalén.
El Viernes 1 de abril de 1881, La Vanguardia publicaba en su primera página: El Archivo general de protocolos del distrito notarial de Barcelona (Biblioteca provincial), que se hallaba establecido en el 2º piso del convento de San Juan de Jerusalén fue trasladado a la calle de Elisabets, 3 bajos.
El cuatro de octubre de 1882 La Vanguardia en su primera página daba la siguiente noticia: «Diese cuenta del dictamen de la Comisión de Fomento acerca de los terrenos procedentes del convento de San Juan de Jerusalén, para que el Ayuntamiento renuncie a continuar el litigio que venía sosteniendo, en que pague en calidad de arriendo la cantidad mensual de 6,000 pesetas, sin por ello prejuzgar,-la cuestión, ni renunciar derecho alguno».
En 1882 comenzó el derribo del convento, menos la capilla que estuvo hasta 1886, en que fue derribada con motivo del derribo masivo de calles y edificios, que impedían la construcción de la Vía Layetana.
El dintel del portal y el escudo del prior José de Villalonga, está colocado en la puerta trasera de la iglesia de Santa Madrona.